- من أهم أهداف المعهد تأهيل خريجي الشريعة لأداء دورهم العلمي والدعوي في المجتمع مع مراعاة ظروف الناس وأوضاعهم وبحكمة وإخلاص.
- تدريب خريجي الشريعة الجدد على كتابة الفتوى وممارسة القضاء في شئون الأحوال الشخصية.
- تخريج القضاة والمفتيين المتميزين يرجع إليهم المسلمون في حل قضاياهم ومشاكلهم العائلية.
- القضاء على ظاهرة الفتاوى الشاذة والخاطئة التي تروجها القنوات الفضائية وإنقاذ الأمة من تأثيرها.
- الحفاظ على مكانة المفتي والقاضي على ما كان في عصر الخلافة الإسلامية وفترة ازدهار حضارة المسلمين.
- ربط مؤسسة الفتوى بالهند بالمؤسسات المماثلة في البلاد العربية والإسلامية.
- تطوير الخطاب الديني ومعالجة ظواهر العنف والتشدد في فئة المتدينين من الشباب الناتجة عن قلة العلم وشدة الحماس.
- ربط فئة المتدربين الذين تعود إليهم مسئولية القضاء والإفتاء في المستقبل بذخيرة الفقه الإسلامي ليتفقهوا في الدين وتكون لهم معرفة تامة بأصول الاستنباط ومناهج الاجتهاد ويكونوا على اطلاع واسع على القوانين الإسلامية والقوانين الوضعية والظروف الراهنة حتى يتمكنوا من مواجهة التحديات وحل القضايا المستجدة.
ولتحقيق هذه الأهداف يهتم المعهد مع تدريس الكتب المقررة والتدريب العملي بتنظيم المحاضرات فيدعو الخبراء والمتخصصين في العلوم الإسلامية والعلوم العصرية كأساتذة زائرين من داخل الهند وخارجها.